Hiện nay, BĐBP tỉnh có 15 tổ chức cơ sở Đoàn, trong đó, 2 Đoàn cơ sở và 13 chi đoàn cơ sở. Hàng năm, BĐBP tỉnh xây dựng kế hoạch, chỉ đạo các tổ chức cơ sở Đoàn triển khai, thực hiện công tác Đoàn và phong trào thanh niên, trong đó tăng cường công tác giáo dục chính trị, tư tưởng, trau dồi phẩm chất đạo đức cách mạng cho ĐVTN. Đồng thời, rèn luyện lối sống trong sáng, lành mạnh, khơi dậy trong ĐVTN trách nhiệm của tuổi trẻ tiếp bước cha anh, phát huy truyền thống bộ đội Cụ Hồ. Các tổ chức cơ sở Đoàn đẩy mạnh việc quán triệt, triển khai, học tập chỉ thị, nghị quyết của Đảng; Nghị quyết Đại hội Đoàn các cấp đến ĐVTN. Thế hệ trẻ biên phòng nhận thức rõ hơn về nhiệm vụ trong thời kỳ mới; có lập trường tư tưởng vững vàng, yên tâm công tác, sẵn sàng nhận và hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao. ĐVTN tập trung thực hiện mô hình “Tay kéo biên phòng”, “Con nuôi Đồn Biên phòng” và Chương trình “Nâng bước em đến trường”. Mỗi ĐVTN tích cực tham gia xây dựng đơn vị nền nếp chính quy, có môi trường văn hóa lành mạnh, xanh, sạch, đẹp, an toàn tuyệt đối về mọi mặt; duy trì, thực hiện tốt phong trào “Ngày thứ 7 tình nguyện” và “Ngày chủ nhật xanh”. Đồng thời, xây dựng các công trình, phần việc thanh niên như: Vườn hoa thanh niên, ao cá thanh niên, vườn rau thanh niên và vườn cây thanh niên. Quán triệt ĐVTN thực hiện hiệu quả chương trình “Tháng ba biên giới”; đẩy mạnh việc “Học tập và làm theo tư tưởng, đạo đức, phong cách Hồ Chí Minh” gắn với khắc phục những biểu hiện suy thoái về đạo đức, lối sống “tự diễn biến”, “tự chuyển hóa” trong nội bộ. Khơi dậy niềm tự hào dân tộc, giúp ĐVTN nhận thức sâu sắc vai trò của tuổi trẻ biên phòng trong thực hiện nhiệm vụ chính trị ở địa phương. 5 năm qua, hàng trăm lượt tổ chức cơ sở Đoàn, ĐVTN được tôn vinh, khen thưởng vì có thành tích xuất sắc trong thực hiện Cuộc vận động “Phát huy truyền thống, cống hiến tài năng, xứng danh bộ đội Cụ Hồ”; “Gương mặt trẻ tiêu biểu” và Học tập và làm theo tư tưởng, đạo đức, phong cách Hồ Chí Minh.

Chi đoàn cơ sở Đồn Biên phòng Pa Ủ (huyện Mường Tè) giúp Trường THCS xã Pa Ủ bêtông sân chơi cho học sinh.

Thượng úy Nguyễn Duy Khánh - Bí thư Chi đoàn cơ sở, Đội trưởng Đội Vận động quần chúng Đồn Biên phòng Thu Lũm (huyện Mường Tè) tâm sự: “Hàng năm, tôi xây dựng và tổ chức triển khai thực hiện hiệu quả công tác Đoàn và phong trào thanh niên. Đồng thời, tham mưu cho cấp ủy, chính quyền địa phương củng cố, kiện toàn, nâng cao chất lượng hoạt động của hệ thống chính trị ở cơ sở; phát huy sức mạnh tổng hợp của đoàn thể, Nhân dân địa phương tham gia xây dựng, bảo vệ biên giới. Huy động ĐVTN tích cực tham gia xây dựng nông thôn mới, triển khai dự án phát triển kinh tế, xã hội, xóa đói, giảm nghèo gắn với xây dựng nền biên phòng toàn dân ở khu vực biên giới. Năm 2019, tôi được Trung ương Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh khen thưởng có thành tích trong công tác Đoàn và phong trào thanh niên; Tỉnh đoàn tuyên dương thanh niên tiên tiến làm theo lời Bác”.
Từ đầu năm đến nay, BĐBP tỉnh chỉ đạo tổ chức cơ sở Đoàn xây dựng công trình thanh niên chào mừng Đại hội Đảng các cấp, nhiệm kỳ 2020 - 2025. Cấp ủy, chỉ huy các cấp trong tỉnh quan tâm tạo điều kiện cho tổ chức cơ sở Đoàn nâng cao chất lượng hoạt động mọi mặt. ĐVTN nhạy bén, linh hoạt trong tổ chức hoạt động, nhất là tham gia tuyên truyền, kiểm soát, phòng, chống dịch Covid-19 hiệu quả theo chỉ đạo của cấp trên. ĐVTN phát huy hiệu quả vai trò trong triển khai các công trình, phần việc thanh niên với ý nghĩa thiết thực, góp phần thực hiện thắng lợi nhiệm vụ công tác biên phòng ở địa phương. Đồng thời, xây dựng đơn vị vững mạnh toàn diện; tổ chức Đảng trong sạch vững mạnh. Điển hình, một số chi đoàn cơ sở Đồn Biên phòng hoạt động hiệu quả như: Sin Suối Hồ, Dào San, Pa Ủ, Huổi Luông và Đoàn cơ sở Tiểu đoàn Huấn luyện - Cơ động.
Đại tá Nguyễn Tất Hậu - Phó Chính ủy BĐBP tỉnh đánh giá: Hàng năm, 100% ĐVTN BĐBP tỉnh đăng ký rèn đức, luyện tài, kế thừa và phát huy truyền thống vẻ vang của thế hệ cha anh đi trước, xứng danh bộ đội Cụ Hồ. Đây là lực lượng tin cậy của Đảng ủy và Bộ Chỉ huy BĐBP tỉnh, ĐVTN luôn sẵn sàng nhận và hoàn thành xuất sắc mọi nhiệm vụ được giao. Thời gian tới, Đảng ủy, Bộ Chỉ huy BĐBP tỉnh tiếp tục chỉ đạo các tổ chức cơ sở Đoàn triển khai hiệu quả hoạt động Đoàn và phong trào thanh niên chào mừng thành công Đại hội Đảng các cấp, nhiệm kỳ 2020 - 2025; đẩy mạnh việc học tập và làm theo tư tưởng, đạo đức, phong cách Hồ Chí Minh gắn với Cuộc vận động “Phát huy truyền thống, cống hiến tài năng, xứng danh bộ đội Cụ Hồ”.